不同于以往的流域生態(tài)補(bǔ)償，《意見》以權(quán)責(zé)對等，合理補(bǔ)償為原則，著力于推進(jìn)流域上下游之間的相互補(bǔ)償，不再單一依靠中央、省級財政給予的縱向補(bǔ)償資金。

　　
《意見》提出，流域上下游縣(市、區(qū))政府作為責(zé)任主體，通過自主協(xié)商，建立“環(huán)境責(zé)任協(xié)議制度”，通過簽訂協(xié)議明確各自的責(zé)任和義務(wù)。省級相關(guān)部門作為第三方，對生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償政策實施給予指導(dǎo)，并對協(xié)議履行情況實施監(jiān)管，同時對重點(diǎn)流域的橫向生態(tài)保護(hù)補(bǔ)償給予引導(dǎo)支持，推動建立長效機(jī)制。

　　
在補(bǔ)償標(biāo)準(zhǔn)上，《意見》提出流域上下游地區(qū)根據(jù)流域生態(tài)環(huán)境現(xiàn)狀、保護(hù)治理和節(jié)約用水成本投入、水質(zhì)改善的收益、下游支付能力、下泄水量保障等因素，每年在500至1000萬元范圍內(nèi)協(xié)商確定。

　　
除資金補(bǔ)償外，流域上下游地區(qū)也可根據(jù)當(dāng)?shù)貙嶋H需求及操作成本，探索開展對口協(xié)作、產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)移、人才培訓(xùn)、共建園區(qū)等補(bǔ)償方式。同時，鼓勵流域上下游地區(qū)開展排污權(quán)交易和水權(quán)交易。